Predstavlja največji izvir v Beli krajini, v katerega se stekajo podzemeljske vode: Bajer pri Rožnem Dolu, Rečica pri Vrčicah, Reka na Gorjancih ter ponikalnica na Mirni gori.

Krupa prihaja na površje sredi severnega dela nizkega belokranjskega kraškega ravnika v močnih kraških izvirih izpod 30 m visoke, značilno tektonsko prelomljene skalne stene. Po vodnatosti je izvir Krupe največji v Beli krajini; absolutni minimalni pretok je okoli 400 l/s, povprečni minimalni pa okoli 1000 l/s. Večina ostalih izvirov ima pretok le do 50 l/s. Krupa je v kraški ravnik vrezala izrazito, mestoma kanjonsko strugo. Po 2,5km toka se izliva v reko Lahinjo. Višinska razlika med izvirom Krupe in izlivom je 6m, kar je nekoč omogočalo delovanje štirih mlinov in dveh žag. Izvir je življenski prostor človeške ribice in v Sloveniji edino znano nahajališče jamske školjke Congeria kuscri.  Reka Krupa z zavarovanim območjem je bila leta 1997 razglašena za naravni spomenik.